احتفاء بحب الشيخ زايد للطبيعة، والتزامه بالمحافظة على البيئة المحلية، يضم صرح زايد المؤسس العديد من الأشجار والشتلات والنباتات التي تنتمي إلى بيئة الإمارات وشبه الجزيرة العربية. ففي "حديقة النباتات التراثية"، ستتاح الفرصة أمام الزوار للتعرف على النباتات التي استخدمها الأهالي على مر القرون لخصائصها الطبية وأهميتها العلاجية والدوائية، بما في ذلك القطن الصحراوي، والحناء، وشجر الأراك، والأعشاب القلوية، ونباتات الغلثى والحرمل.

في حين تضم "الروضة"، والتي تحيط بالعمل الفني "الثريا"، أشجار الغاف والسدر التي توفر أجواءً من الراحة والهدوء تبعث على التأمل تحت ظلالها الوارفة، وتنتشر في أنحاء "صرح زايد المؤسس" مجموعة مختلفة من أنواع الأشجار الأخرى، بما في ذلك أشجار النخيل والفتنة والسَمر.

وبالقرب من "الروضة"، يوجد تصميم معاصر لأنظمة الري بالأفلاج التي كان يستخدمها سكان شبه الجزيرة العربية في الزراعة، والتي طوّرها لاحقاً الشيخ زايد بن سلطان آل نهيان طيب الله ثراه.

ويرتفع "الممشى" فوق الحديقة المفتوحة متيحاً للزوار إطلالات خلابة على العمل الفني وأفق مدينة أبوظبي الغني بالمعالم البارزة. كما يضم أقوالاً للمغفور له بإذن الله تعالى الشيخ زايد مليئة بالحكمة تُلهم الأجيال الإماراتية القادمة، وتشكل بوصلة تُرشدهم نحو مواصلة نهج التطور والتقدّم.